Con separación por escaneo, el separador trabaja con la ayuda de llamados dispositivos móviles de captura de datos, también conocidos como escáneres de código de barras. Esta tecnología es popular no solo en ambientes de almacén, sino también en el sector de venta al por menor debido a su flexibilidad, baja susceptibilidad a errores de separación y casi nulo tiempo de capacitación. Sin embargo, las desventajas incluyen movilidad limitada y los altos costos iniciales de adquisición del hardware.

Compare con separación por papel, separación por luz, separación por visión y separación por voz.