Na separação por scanner, o separador trabalha com o auxílio de chamados dispositivos móveis de captura de dados, também conhecidos como scanners de código de barras. Essa tecnologia é popular não apenas em ambientes de armazém, mas também no setor de varejo, devido à sua flexibilidade, baixa suscetibilidade a erros de separação e quase inexistente necessidade de treinamento. As desvantagens incluem a mobilidade limitada e os altos custos iniciais do hardware.

Compare com separação por papel, separação por luz, separação por visão e separação por voz.