Armazéns de separação são destinados ao processamento de mercadorias para requisitos específicos de clientes ou do próprio armazém. Assim, os armazéns de separação servem apenas como instalações de armazenamento intermediário. As mercadorias dentro de um armazém de separação estão sempre acessíveis, de modo que os pedidos de separação possam ser concluídos o mais rápido possível.